Специализированное учебное заведение-ТУ-4 было организовано 04 октября 1971 году как базовое техническое училище Фрунзенского завода электровакуумного машиностроения и располагалось на территории завода.
Подготовка кадров велась по рабочим профессиям: токарь, фрезеровщик, слесарь-станочник, слесарь-наладчик.
В 1975 году добавились профессии чертежник и контролер ОТК.
В 1979 году для учебного заведения был построен новый современный учебный корпус и мастерские.
В 1984 году ТУ№4 преобразовано в ПТУ №99.
С 1984 года училище предоставляет не только профессиональное, но и среднее общее образование.
В 1990 году ПТУ №99 был преобразован в ВПУ (высшее профессиональное училище). Уровень подготовки специалистов позволял выпускникам продолжать обучение в ВУЗах, с которыми были заключены Договоры о сотрудничестве.
В 1992 году училище отделилось от базового предприятия.
В 1993 году ВТУ №99 переименовано в «Бизнес лицей» №99. С этого периода, кроме профессионального образования, учащиеся получают образование в области малого предпринимательства, для обеспечения само занятости выпускников.
В 2000 году лицей стал готовить выпускников по новой профессии «Специалист по автоматизации и компьютеризации прикладных процессов».
В 2000 году преобразован в Профессиональный лицей № 99.
В 2002 году по 2008 год, при поддержки GTZ (Германского общества технического сотрудничества) при лицее функционировало Отделение среднего профессионального образования. Техникум готовил специалистов по профессии «Менеджер информационных технологий», «Менеджер товарного и сервисного кооператива», «Менеджер кредитного союза.
С 2008 года введена новая специальность «Оператор по обслуживанию компьютерных устройств».
В 2018 году ПЛ №99 решением Правительства Кыргызской Республики передан в ведение Кыргызской государственной юридической академии для реализации проекта создания «IT-академия».
На каждом этапе лицей готовит молодежь по тем профессиям, которые были востребованы временем.
